在资本市场，金正大颇受机构青睐。截至9月22日，有59家基金持仓金正大，占总股本的6.11%；有63家机构持股，所持股份占总股本的48.53%。在公司前十大股东名单中，除去临沂金正大和万连步直接持股外，其余八名股东均为机构持股。不过，在金正大股价不断下行的趋势下，机构压力也逐步增大。前十大股东中，第三大股东雅戈尔投资有限公司与不停进出十大股东的汕头汇晟投资有限公司尤其引人关注。
近年来在投资领域频频有大动作的雅戈尔，2012年4月成为了金正大的第三大股东。雅戈尔当时公告，全资子公司雅戈尔投资有限公司以现金出资8.3亿元，以11.06元/股的价格协议购买德国投资和发展(DEG)持有的金正大股票7500万股，占金正大总股本的10.71%。
根据2012年-2018年年报统计，雅戈尔通过出售其所持有的金正大股份，对利润的影响总额为4.37亿元。2019年上半年，雅戈尔再次大比例减持金正大股份2375.89万股，占其所持股份的17.65%，所得收益为1.02亿元。持股超七年，雅戈尔通过出售股权的方式共计在金正大身上收回5.39亿元，较收购价仍有2.91亿元差距。目前，雅戈尔仍持有金正大3.37%的股权。
与雅戈尔稳坐金正大第三大股东之位不同，汕头汇晟投资有限公司(下称“汕头汇晟”)不停进出金正大十大股东之位。据企查查信息显示，汕头汇晟曾出现在金正大2017年半年报及2018年三季报的前十大股东之中。汕头汇晟由自然人孙少鹏和陈燕丽直接持股，持股比例分别为56%和44%，法定代表人为徐明。
2018年金正大实现营业收入154.82亿元，同比减少21.94%，归属于上市公司股东的净利润为4.21亿元，同比减少41.10%，扣非净利润为3.62亿元，同比减少45.09%，经营活动产生的现金流量净额为-15.38亿元，同比减少203.18%。截至2018年末，金正大的应收账款为5.67亿元，增幅为1.17%。
2018年年报披露之后，金正大又陷财务漩涡，大信会计师事务所为金正大出具了保留意见的审计报告，一时震惊资本市场。
大信会计师事务所出具的审计报告显示，报告期内，金正大以预付购货款的名义，与关联方诺贝丰(中国)农业有限公司发生大额资金往来。截至2018年12月31日，预付款项余额为37.14亿元，截至审计报告日尚未收到货物，也未收回款项。金正大还与日照昊农贸易有限公司、临沂绿力商贸有限公司等单位发生较大金额资金往来，并通过预付款项核算，截至2018年12月31日预付该等单位款项余额6.08亿元，该等预付款项多数并无实际货物采购入库。
对于上述情况，深交所连下两份问询函，问询巨额预付账款去向问题。金正大回复表示，2018年5月，金正大、诺贝丰与临沂金正大、万连步签订了战略合作协议。根据协议，2018-2019年度，诺贝丰需向公司供应40亿元货物，2018年度完成供货金额3.17亿元，2019年已完成供货金额7.96亿元，截至目前累计完成供货金额11.13亿元。由于公司在资金支付进度管控方面未严格按照协议执行，导致资金支付进度超过货物采购进度，2018年末预付款项余额较大。上述预付款项被认定为经营性资金往来，属于经营性资金占用。
2019年半年报显示，金正大的营收和净利润再度双双下降，实现营业收入76.77亿元，同比下降43.52%，归属于上市公司股东的净利润为4.29亿元，同比减少48.76%，扣非净利润为4.02亿元，同比下降50.42%，经营活动产生的现金流量净额为-5.32亿元，同比减少47.86%。
半年报显示，截至2019年6月30日，诺贝丰累计完成供货13.69亿元，金正大对诺贝丰的预付款项余额已降至25.92亿元。对于以前年度无实物流转的贸易性收入，金正大仍在进行自查。报告期末，金正大预付款项余额为66.50亿元，较期初增加14.23亿元。
半年报披露后，深交所于9月16日再次发函问询，要求金正大说明，公司实际控制人为诺贝丰供货提供保证的原因，实际控制人和诺贝丰是否存在关联关系或利益往来，并结合控股股东、实际控制人的资金状况，说明其是否具备相应的履约能力，并说明是否存在实际控制人及其关联方变相占用上市公司资金的情形。